chemscripts 问题

1、只支持到python3.2,导致很多兼容性问题,比如peewee对python3.2已经不支持了。

2、可进行格式转化,CDX可以变为mol,smiles,inchi,name等,但是不能变成SVG或是PNG,需要使用rdkit变换。

print(m.WriteFile(‘d:/output.mol’,’chemical/x-mdl-molfile-v3000′))
print(StructureData.MimeTypes())
结果:[chemical/x-chemdraw, chemical/x-cdx, text/xml, chemical/x-mdl-molfile, chemical/x-mdl-molfile-v3000, chemical/x-mdl-tgf, chemical/x-mdl-rxn, chemical/x-mdl-rxn-v3000, chemical/x-daylight-smiles, chemical/x-smiles, chemical/x-mdl-isis, chemical/x-questel-f1, chemical/x-questel-f1-query, chemical/x-msi-molfile, chemical/x-smd, chemical/x-ct, chemical/x-cml, chemical/x-inchi, chemical/x-name, chemical/x-c3xml]

3、可以通过结构或是smiles计算分子式,分子量等。

m = StructureData.LoadFile(‘D:/sync-work/2023test/newDB/3aOH5bH6aOH7aOH24COOH.cdxml’)
print(m.WriteData(‘smiles’))
print(m.Weight)
print(m.ExactMass)
print(m.Formula())

4、使用前需要以下依赖

from sys import *
from os import *
from os.path import *
from ChemScript20 import *

20231206更新:使用chemscript22版本升级到 python 3.10openpyxl3.0.0 (2019-09-25) Python 3.6+ only release

1、首先通过excel的sysname,查找cdx文件,生成分子式,分子量,精确分子量和smiles。

202407:重装系统出现激活框,最终放弃,改用rdkit(使用的功能如inchikey,smiles都可提供,需要检查是否一致)

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